تالابهای تحت مدیریت درطی روندتغییرات جهانی اقلیم و رخداد مکرر پدیده خشکسالی و مضافا مصارف حوضه ای نامتوازن، دچار آسیب های جدی شده اند که دراین میان این دفتر باحمایت مالی دولت و بهره گیری ازتجارب بین المللی طی یک دهه اخیر با ترویج، تدوین و اجرای طرحهای جامع مدیریت زیست بومی در بیش از 30 تالاب بحرانی کشورگام هایی در خصوص سازگاری با پیامدهای تغییر اقلیم و متعادل نمودن منابع و مصارف حوضه آبریز تالاب برداشته است که این فرایند بطور مستمر(سالانه) برای سایر تالابهای درمعرض خطر نیز پیش بینی شده است.

اهم اهداف دفترحفاظت و احیاء تالابها بشرح ذیل می باشد:

1- اجرایی کردن رویکرد مدیریت زیست بومی در تالابها

2- ایجاد ساختارهای فرابخشی در سطح کلان و خرد برای تصمیم گیری و تصمیم سازی در حوضه تالابها،

3- تعیین نیاز آب محیط زیستی تالابها و جریانهای زیست محیطی رودخانه های کشور؛

4- نظارت بر تامین مستمر نیاز آبی تالابها و رودخانه ها؛

5-نظارت بر حد حریم کیفی و بستر اکولوژیک تالابها و رودخانه ها؛

6- ایجاد و تکمیل سامانه های جامع پایش کمی و کیفی تالابها و رودخانه ها

7-آموزش، ارتقاء آگاهی ها و جلب مشارکت جوامع بهره بردار و مخاطبان تالابی، برای حفاظت و بهره برداری پایدار از تالابها

8- اجرایی کردن راهکارها و طرحهای کسب و کار با استفاده از معیشتهای جایگزین با هدف کاهش فشار بر آب و خاک و منابع طبیعی در حوضه های تالابی؛

9- ایجاد سازوکارهای اجرایی برای حسابداری زیست محیطی و پرداخت اکوسیستمی در حوضه های تالابی؛